حقوق دولتی یکی از مهم‌ترین اقلام در میان پرداخت‌های مرتبط با بهره‌برداری از معدن است و حدود نیمی از مجموع هزینه‌های بررسی‌شده در این گروه را تشکیل می‌دهد. نسبت این پرداخت به ارزش تولید در معادن آهن، مس و سرب و روی تقریباً نزدیک به هم است؛ در طلا بالاتر و در زغالسنگ و سنگ ساختمانی پایین‌تر قرار دارد. همچنین، بیش از نیمی از درآمد حقوق دولتی مورد بررسی از کمتر از ۳۰۰ معدن آهن تأمین شده است. این تمرکز از یک سو اهمیت زنجیره آهن در تأمین درآمدهای دولتی را نشان می‌دهد و از سوی دیگر، وابستگی بخش مهمی از این درآمدها به وضعیت فعالیت تعداد محدودی از معادن را برجسته می‌کند.
ساختار پیمانکاری و اجاره نیز در شکل‌گیری هزینه‌های معدن نقش دارد. در سال ۱۴۰۳، بیش از نیمی از شاغلان معادن آهن و مس پیمانکاری بوده‌اند و بیش از ۹۷ درصد مبلغ ثبت‌شده در ردیف حق پیمانکاری یا اجاره معدن به معادن آهن اختصاص داشته است. این ارقام به‌تنهایی بیانگر بالا بودن هزینه یا ناکارآمدی پیمانکاری نیستند، اما نشان می‌دهند این شیوه در فعالیت معادن، به‌ویژه در زنجیره آهن، جایگاه قابل‌توجهی دارد. در معادن کوچک نیز محدودیت سرمایه می‌تواند وابستگی به ماشین‌آلات اجاره‌ای و خدمات بیرونی را افزایش دهد؛ وضعیتی که در صورت افزایش قیمت خدمات یا نامناسب بودن شرایط قرارداد، فشار بیشتری بر حاشیه سود وارد می‌کند.
حمل‌ونقل نیز یکی از نقاط حساس اقتصاد معدن است. تقریباً تمام هزینه حمل ریلی بخش معدن و بیش از نیمی از هزینه حمل جاده‌ای در آمار سال ۱۴۰۳ به معادن آهن مربوط بوده است. جابه‌جایی حجم بالای مواد معدنی، دسترسی به خطوط ریلی و واگن را به بخشی از مزیت یا محدودیت رقابتی این زنجیره تبدیل می‌کند. در چنین شرایطی، افزایش تولید به‌تنهایی تضمین‌کننده رشد سودآوری نیست؛ اگر ظرفیت حمل‌ونقل متناسب با تولید توسعه پیدا نکند یا هزینه جابه‌جایی افزایش یابد، بخشی از منافع افزایش تولید در هزینه‌های لجستیکی جذب خواهد شد.
در کنار این هزینه‌ها، سهم اندک تحقیق و توسعه از ارزش تولید معادن، مسئله بهره‌وری را به یکی از محورهای مهم تحلیل تبدیل می‌کند. وقتی بخش قابل‌توجهی از منابع صرف حقوق دولتی، پیمانکاری و حمل‌ونقل می‌شود، توان بنگاه برای سرمایه‌گذاری در فناوری، نوسازی تجهیزات و بهبود روش‌های استخراج اهمیت بیشتری پیدا می‌کند. این موضوع به‌ویژه برای معادن کوچک که با محدودیت منابع مالی روبه‌رو هستند، می‌تواند تعیین‌کننده باشد. در مجموع، آمار سال ۱۴۰۳ نشان می‌دهد مسئله اقتصاد معدن فقط میزان تولید یا قیمت فروش نیست؛ ترکیب هزینه‌ها، تمرکز پرداخت‌ها در زنجیره آهن، دسترسی به زیرساخت حمل‌ونقل و امکان سرمایه‌گذاری برای افزایش بهره‌وری، همگی در تعیین ظرفیت سودآوری و توسعه این بخش نقش دارند.